I primi ricordi di chimica di Hahnemann sicuramente si devono far risalire al periodo di Meissen. L’alchimista Johann Friedrich Bottger (1682-1719) viene, nel 1700, tenuto prigioniero a Dresda dall’Elettore di Sassonia, Augusto il Forte (1670-1733), convinto della sua abilità alchemica di trasformare i metalli in oro. Dopo un tentativo di fuga, nel 1703, Botteger viene contattato dal proprietario di una fabbrica di vetro, Ehrenfried Walter von Tschirnhaus (1651-1708) che lo convince a cercare di riprodurre la porcellana dura. Trovata la formula nel 1708-1709, viene portato nel castello di Albrechtung a Meissen, dove inizierà la produzione delle famose ceramiche. Queste notizie rinviano a un piccolo Samuel, terzogenito della famiglia di Gottfried Hahnemann, che viene, probabilmente iniziato o è solo osservatore di rudimenti di chimica. Il successivo passaggio è l’arrivo di Hahnemann da Vienna al servizio di Samuel von Bruchenthal (1721-1803) a Hermannstadt . Il ricco barone lo accoglie. Hahnemann deve riordinare la ricchissima biblioteca dove sicuramente ha potuto consultare testi sull’ alchimia e leggere il passaggio di questa verso la chimica.
Probabilmente riceve dal barone i primi rudimenti di alchimia. Bruchenthal lo introduce nella loggia massonica Sankt Andreas zu den drei Seeblaettern, alla quale si erano associati da poco tempo i Rosa Croce, arrivati a Vienna nel 1775 che, estimatori di Paracelso, avevano portato i principi alchemici nella massoneria. Dopo questa cultura iniziale, poco scientifica, Il vero salto di qualità verso la chimica tradizionale Hahnemann lo compie a Dessau nel 1781. Sposa la figlia della seconda moglie del farmacista Joachim Heinich Haessler (1740-1812). È lui che, mettendo a disposizione il suo laboratorio è forse il suo primo vero insegnante di chimica. Hahnemann non dimenticherà mai principi alchemici che utilizzerà per la preparazione dei rimedi omeopatici, quali: calcinazione e distillazione. Dal 1784 al 1787 traduce tre testi del chimico svizzero Demachy sulla distillazione che, certamente influenzeranno la sua scoperta successiva sull’analisi del vino. Hahnemann nel 1784 riduce la professione medica. Sperimenta e traduce.
Nel 1788 scrive, Un rimedio di forza straordinaria per impedire la putrefazione, descrivendo l’azione del Nitrato d’Argento. Una scoperta che lo rende famoso è quella di Perfetta preparazione del Mercurio Solubile che prenderà il suo nome, Mercurius Hahnemanni che, descrive nel 1789 e nel 1790 nel Metodo completo di preparazione del Mercurio Solubile. La sua fama di chimico si rafforza con, Per scoprire nel vino i metalli nocivi alla salute del 1791. Ormai era un chimico talmente credibile a livello internazionale che in Abruzzo sulla rivista, Commercio scientifico d’Europa col regno delle due Sicilie nel 1792, appaiono tre traduzioni di suoi lavori, Sui metalli nocivi nel vino, Sulla preparazione del Mercurio solubile, Sul fiele e le pietruzze che in esso si generano.
La sua notorietà scientifica renderà interessante l’annuncio del suo nuovo metodo rivoluzionario: l’omeopatia. Come tutti gli scienziati può commettere errori. Nel 1801 viene attaccato su Allgemeins Journal der Chimie, da John Baptiste Trommsdorff (1770-1837), il farmacista editore di Journal der Pharmacie fur Artze und Apotheker, dove Hahnemann pubblica nel 1794 e nel 1797, per l’eccessivo prezzo che richiede per una sostanza che, a torto, reputa una sua nuova scoperta risultando, invece, essere solo un sale alcalino già noto. Hahnemann rettifica prontamente l’errore e restituisce il denaro che gli era stato inviato.
